被作为“第三个基拉”逮捕的火口突然死亡。在火口带着的黑色死亡笔记上写着“这个笔记上写下姓名的人，如果在十三天以内不写下下一个名字就会死掉”，根据这一规则，L宣布月和海砂是清白的。

得到L完全信任的月作为L的友人加入了基拉事件调查。在失去基拉的记忆前，对笔记做出种种安排的月让海砂去取出埋在森林里的红色笔记，以便让她再次利用“死神之眼”查到L的真实姓名，但是就在海砂接触笔记本前被人袭击，笔记本也被抢走。

袭击海砂的油多川的幕后主使是海砂认识的检察官魅上照。魅上照从笔记本里夹着的信中得到了海砂与基拉的关系，开始代替基拉制裁罪犯。新的基拉事件发生本来更加证明了月的清白，而L却加深了对月的怀疑。为助L一臂之力，尼亚查找从海砂手中夺走笔记的犯人。

尼亚虽然从油多川得到了从海砂处抢笔记被抢的口供，但在说出幕后主使者的姓名前，油多川死于心脏麻痹。这时，与魅上照取得联络的月，着手进行新的除掉L的计划。魅上照按计划来到基拉对策室要求收缴火口一案的物证，实则是要利用“死神之眼”查明L的真实姓名。另一方面，L也赌上自己的性命向基拉发出直接对决的挑战。