“科警研”为犯罪搜查的进步做了很大的贡献，警察厅副长官川濑要三为了表彰他们即将到来。可是，九十九为首的科警研成员在门口准备迎接他的时候，副长官却在他们眼前被人用来福枪击倒。虽然警察立刻封锁了附近的大楼，进行警戒，可是还是让犯人逃脱了。九十九在狙击现场发现了用血写上X的手绢，突然意识到这时“给大家的挑战书”。

另一天，这次轮到原警视厅搜查一课刑事部长的众议院议员尾崎幸平被人诱拐。而尾崎的车上也留有相同记号的手绢。警察因此断定这也是射杀副长官的凶手所为。犯人发表声明“48小时以内将对尾崎行刑”可是…！？而且，随着时间的流逝，第三起诱拐时间又将发生……