被人嫁祸杀死警察而被通缉的藤丸，在音弥、葵、真子（德永惠利）、英（久野雅弘）等报社成员的帮助下，躲在一个学校里。对于亲人四分五散，又得不到「THIRD-i」信任的藤丸来说，那是唯一一个能冷静下来落脚的地方。但是空无一人的学校里，却惊现恐怖分子的身影！……此时J告知「THIRD-i」包括藤丸在内的五个人已感染上了病毒，并向「THIRD-i」提出要求，让他们以释放神岛紫门（嶋田久作）来交换这五人的解毒剂。

「THIRD-i」在已得知恐怖分子计划后，新指挥官镰田本着“为了战争，牺牲不可避免”的观点，认为与救出藤丸等人相比，抓住恐怖分子更为重要。

与外界断绝联系，又迫于病毒威胁的藤丸等人将会面临什么样的悲剧呢。