在与潜入学校的恐怖分子搏斗后，藤丸最终得到了抗病毒剂。但是，病徵出得很早的英还没有来得及注射药剂就气绝身亡了。藤丸认为英的死全部都是自己的错，陷入了悲痛的深渊……

另外一方面，J为首的恐怖分子袭击了拘留所，成功救出了教祖神岛紫门，并开始实行最极端的病毒计划{BLOODY MONDAY}.

渡过了朋友的死，坚定了战斗信念的藤丸和「THIRD-I」协力与恐怖分子面对面。"最后的星期一"，藤丸究竟能不能够拯救朋友、东京和地球吗?还有一个就是，因为J而逐渐明朗的事实，追逼著藤丸。