为了防范使徒再来，真嗣进行着EVA的操作训练，同时也转学到第三新东京市的学校就读。在上课时，老师讲到第二次浩劫的历史事件。可是同学们都不专心，在台下偷偷的玩用电脑网络聊天。真嗣被套出他是EVA 驾驶员，在班上立刻成为受欢迎的人。但同班的铃原东治却对他大打出手，这是因为他的妹妹在EVA 与使徒的战斗中受牵连而受伤。不一会，第四使徒来袭，真嗣将从避难所里出来观望的东治与剑介救入驾驶仓，并无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀击退了使徒。