在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来。