EVA四号机的S2机关搭载实验在美国进行。结果美国的NERV第二支部与其半径89公里以内的设施从此消失。为此，剩下的三号机的启动实验，转至日本的松代进行，而且驾驶员将由新挑选的第四适格者来担任。只是那个青年的名字，令美里担心。后日上课时，铃原东治被传唤至校长室，回来之后，他似乎变成了另一个人。